Джон Коннолли родился в столице Ирландии Дублине в 1968 году в семье государственного служащего и учительницы.
В разные периоды своей жизни Коннелли работал: журналистом, барменом, чиновником местного органа управления, официантом и работником в универмаге «Harrods» в Лондоне. Он изучал английскую литературу в «Trinity College» в Дублине и журналистику в «Dublin City University», впоследствии Коннелли проработал пять лет внештатным журналистом в газете «The Irish Times», в которую до сих пор продолжает вносить свой вклад.
Его дебютный роман «Все мертвые обретут покой» был опубликован в 1999 году и знакомил с Чарли Паркером, отставным полицейским, охотящимся за убийцей его жены и дочери. Роман получил премию «Shamus Award» в номинации «Best First P.I. Novel» в 2000 году.
В настоящее время Джон Коннолли живет в Дублине, но по долгу службы ему часто приходиться бывать в США.