Эрик-Эмманюэль Шмитт родился 28 марта 1960 года в Сент-Фуа-лес-Лион.
Шмитт окончил лицей в Лионе, после чего поступил в Высшую нормальную школу в Париже. Там он получил титул доктора по философии в 1986 году, защитив диссертацию на тему «Дидро и метафизика». Затем преподавал философию в течение трёх лет в Шербуре и в Шамбери. Эрик-Эммануэль вырос в светской семье, оба его родителя являются школьными учителями физики из Эльзаса и считал себя агностиком. Позже он объявил себя христианином.

Свой первый сценарий Шмитт написал в 1991 году. «Ночь в Валони» была поставлена во Франции и за рубежом. Однако ещё большую популярность принёс ему второй спектакль «Посетитель», основанный на диалоге Зигмунда Фрейда и бога, и за который он был награждён премией Мольера в 1993 году.

Темы его произведений весьма разнообразны: «Золотой Джо» показывает циничный взгляд финансовых акул, «Загадочные вариации» (главную роль в котором сыграл Ален Делон) рассказывают о двух мужчинах с разными взглядами на жизнь и на любовь, которые, как оказывается позже, влюблены в одну и ту же женщину. В исторической драме «Распутник» Шмитт рассказывает про жизнь французского философа Дидро. В 2000 году это произведение было экранизировано французским режиссёром Габриэлем Агийоном.

Мировые религии играют большую роль в его творчестве, что ярко выражается в «Цикле незримого» — четырёх повестях Шмитта:

«Миларепа» — Буддизм в Тибете
«Мсье Ибрагим и цветы Корана» — Суфизм и Иудаизм
 «Оскар и Розовая Дама» — Христианство
«Дети Ноя» — Христианство и Иудаизм

Роман 2001 года «Часть другого» вызвал бурную критику, так как описывает два параллельных мира: в одном из них Адольф Гитлер успешно сдаёт вступительные экзамены в Венской академии изобразительных искусств в 1908 году и не становится диктатором, а в другой Шмитт описывает реальное историческое развитие событий.

В 2001 году Шмитт был награждён театральной премией французской академии.  «Мсье Ибрагим и цветы Корана» удостоился Немецкой книжной премии в 2004 году и был экранизирован с Омаром Шарифом в главной роли.

Эрик-Эммануэль Шмитт живёт и работает в Брюсселе, а с 2008 года имеет кроме французского ещё и бельгийское гражданство.