Родился в Эдинбурге, в семье состоятельного шотландского юриста Вальтера Джона (1729—1799) и Анны Резерфорд (1739—1819), дочери профессора медицины Эдинбургского университета. Был девятым ребенком в семье, но, когда ему было полгода, в живых осталось только трое. В семье из 13 детей выжило шестеро.

В январе 1772 года заболел детским параличом, потерял подвижность правой ноги и навсегда остался хромым. Дважды — в 1775 и в 1777 годах — находился на лечении в курортных местечках Бат и Престонпанс.

Детство его было тесно связано с Шотландским Приграничьем (Scottish Borders), где он проводил время на ферме своего деда в Сэндиноу, а также в доме своего дяди близ Келсо. Несмотря на свой физический недостаток, уже в раннем возрасте поражал окружающих живым умом и феноменальной памятью.

В 1778 году возвращается в Эдинбург. С 1779 года учится в эдинбургской школе, в 1785 году вступает в Эдинбургский колледж. В колледже увлекся альпинизмом, окреп физически, и приобрел популярность среди сверстников как отличный рассказчик.

Много читал, в том числе античных авторов, увлекался романами и поэзией, особо выделял традиционные баллады и сказания Шотландии. Вместе со своими друзьями организовал в колледже «Поэтическое общество», изучал немецкий язык и знакомился с творчеством немецких поэтов.

Важным для Скотта становится 1792 год: в Эдинбургском университете он выдержал экзамен на звание адвоката. С этого времени он становится почтенным человеком с престижной профессией и имеет собственную юридическую практику.

В первые годы самостоятельной адвокатской практики много ездил по стране, попутно собирая народные легенды и баллады о шотландских героях прошлого. Увлекся переводами немецкой поэзии, анонимно опубликовал свои переводы баллады Бюргера «Ленора».

В 1791 году познакомился со своей первой любовью — Вильяминой Белшес, дочерью эдинбургского адвоката. В течение пяти лет пытался добиться взаимности Вильямины, однако девушка держала его в неопределённости и в конце концов предпочла ему Вильяма Форбса, сына состоятельного банкира, за которого и вышла замуж в 1796 году. Неразделённая любовь стала для молодого человека сильнейшим ударом; частички образа Вильямины в последующем не раз проявлялись в героинях романов писателя.

В 1797 году женился на Шарлотте Карпентер (Шарлотта Шарпантье)(1770—1826).

В 1830 году он переносит первый апоплексический удар, который парализовал его правую руку. В 1830—1831 Скотт испытывает еще два апоплексических удара.

Умер он от инфаркта 21 сентября 1832 года.

В настоящее время в поместье Скотта Эбботсфорд открыт музей знаменитого писателя.